คล้ายกับรุ่นที่สองของรถคนที่สามมาพร้อมกับ MR2 ใหม่ที่สมบูรณ์ยานพาหนะโตโยต้าซึ่งเรียกว่า Mr-S และ Mr2 Spyder แม้ว่าจะมีลักษณะคล้ายกับ Boxster ปอร์เช่ปี 1996 MR2 ใหม่นั้นขึ้นอยู่กับแนวคิดที่เปิดตัวโดย บริษัท ญี่ปุ่นในปี 1997 ของ Tokyo Motorshow มีให้เลือกสองรูปแบบร่างกายแปลงสภาพ 2 ประตูและรถเก๋ง 2 ประตู MR2 ใหม่มาพร้อมกับเครื่องยนต์ใหม่ ได้แก่ 1.6 ลิตร L4 ซึ่งพัฒนา 140 แรงม้า นอกจากนี้โตโยต้าเปิดตัวสองรุ่นเกียร์ใหม่ความเร็ว 5 ความเร็วและเกียร์แบบแมนนวล 6 สปีด