รุ่น 1999 ของ Skoda Fabia แสดงถึงรุ่นแรกของรถยนต์ที่มีอยู่ในรูปแบบร่างกายหลายอย่างรวมถึงซีดาน 4 ประตูชื่อเล่น Fabia Sedan, Hatchback 5 ประตูและอสังหาริมทรัพย์ 5 ประตูซึ่งเรียกว่า Fabia Combi รุ่นแรกได้เปิดตัวอย่างเป็นทางการในเดือนกันยายน 1999 ที่แฟรงค์เฟิร์ตมอเตอร์แสดงในขณะที่การผลิตเริ่มต้นหนึ่งเดือนต่อมา Fabia มาในการกำหนดค่าเครื่องยนต์หลายรายการตั้งแต่ 1.2 น้ำมันเบนซินและดีเซล 2.0 การผลิตระหว่าง 55 ถึง 115 แรงม้า Skoda Fabia มีคู่แข่งหลายคนในชั้นเรียนขนาดเล็กรวมถึง Ford Fiesta, Fiat Punto, Citroen C3, Peugeot 206 และ Renault Clio