หลังจากการเปิดตัวของรุ่นที่สองของสถานี A6-Wagon ในปี 1998 Audi แนะนำรุ่นที่ทรงพลังยิ่งขึ้น S6 Avant ในปี 1999 พร้อมกับ S6 Sedan รุ่นที่สองของ Audi S6 Avant ขึ้นอยู่กับแพลตฟอร์ม C5 ที่พัฒนาขึ้นใหม่ มันเป็นมากกว่า A6 Avant ที่มีป้ายแตกต่างกัน มันถูกนำเสนอด้วยเครื่องยนต์ที่ทรงพลังมากขึ้นและสารแขวนลอยที่แข็งตัวที่ทำให้รถเพาะปลูกถนน ไดรฟ์ล้อทั้งหมดติดตั้งเป็นมาตรฐาน มีความแตกต่างระหว่าง S6 Avant ที่ดุร้ายและ A6 Avant ปกติ ล้ออัลลอยด์ที่มีน้ำหนักเบาได้รับแรงบันดาลใจจาก Audi TT บังโคลนหน้าและธรณีประตูนั้นกว้างขึ้นเล็กน้อย การระงับที่ลดลงและแข็งทื่อได้ถูกออกแบบมาเป็นพิเศษสำหรับช่วง S6 สองท่อไอเสียที่มีเคล็ดลับโครเมี่ยมเป็นมาตรฐานบนรถยนต์ ตราสัญลักษณ์บนกระจังหน้าและในด้านหลังเสร็จสิ้นความแตกต่างภายนอก ภายใน S6 โดดเด่นสูงที่นั่งหนุนสูงสำหรับผู้โดยสารด้านหน้าซึ่งช่วยให้การสนับสนุนด้านข้างที่ดีขึ้นในการเข้าโค้ง ชุดที่นั่งถังกีฬาที่ออกแบบโดย Recaro อยู่ในรายการตัวเลือก ม้านั่งแบบแยกด้านหลังถูกเก็บไว้ในกรณีที่มีบางอย่างที่ยาวนานและหนักจะต้องส่งอย่างรวดเร็วในอีกด้านหนึ่งของประเทศ ในด้านวิศวกรรม S6 Avant เป็นรถที่แตกต่างอย่างสิ้นเชิงกว่าช่วง A6 ที่เหลือ ระบบขับเคลื่อนล้อทั้งหมดได้รับการปรับให้เข้ากับประสิทธิภาพด้วยความแตกต่างของ Torsen Center และล็อคที่แตกต่างกันอิเล็กทรอนิกส์ทั้งด้านหน้าและด้านหลัง (EDL) จัดการโดยระบบ Bosch ESP เครื่องยนต์เป็น V8 4.2 ลิตรที่มี 340 แรงม้า 40 มากกว่ามาตรฐานออดี้ A6 4.2 -L ลิตรมาตรฐาน รถยนต์มีให้บริการด้วยคู่มือ 6 สปีดหรืออัตโนมัติ 5 สปีดพร้อมการแทนที่ด้วยตนเองสำหรับการเปลี่ยนเกียร์ (Tiptronic)