ในปี 1999 เปอโยต์แนะนำการรีเฟรชวงจรกลางชีวิตสำหรับช่วง 406 และพร้อมกับซีดานและคูเป้รุ่นสถานีเกวียนได้รับการอัพเกรดเช่นกัน เปอโยต์ประสบความสำเร็จอย่างมากกับผู้เล่นตัวจริง 406 คนและด้วยประสบการณ์มากมายกับสถานีเกวียนมันแนะนำการออกกำลังกายเช่นนี้สำหรับคู่แข่งกลุ่มขนาดกลาง แต่หลังจากนั้นไม่กี่ปีในตลาดรถดูแก่แล้วและเปอโยต์ต้องเผชิญกับคลื่นลูกใหม่ของเทรนด์การออกแบบชีวภาพที่ผลักดัน Mondeo ไปข้างหน้าในแผนภูมิการขาย ที่ด้านหน้าผู้ผลิตรถยนต์ชาวฝรั่งเศสทิ้งตะแกรง Slatted จากรุ่น '96 และแทนที่ด้วยตะแกรงตาข่ายสีดำ ไฟหน้าได้รับมุมใหม่ที่ด้านบนของพวกเขาและดูก้าวร้าวมากขึ้น เปอโยต์สั้นลงตะแกรงยิ้มในผ้ากันเปื้อนเปลี่ยนใหม่ - มันและเพิ่มไฟตัดหมอกคู่หนึ่ง: ไม่มีใบหน้าที่ยิ้มแย้มนับจากนี้ไปในช่วง 406 ด้านหลังผู้ผลิตรถยนต์ไม่ได้พิจารณาการเปลี่ยนแปลงใด ๆ ภายในมีการเปลี่ยนแปลงเพิ่มเติมบนแดชบอร์ด ผู้ผลิตรถยนต์ติดตั้งแผงหน้าปัดใหม่ที่มีหน้าปัดขนาดใหญ่และวงแหวนโครเมี่ยมรอบ ๆ บนสแต็กศูนย์ที่ออกแบบใหม่มีการควบคุมใหม่สำหรับระบบ HVAC และระบบเสียงใหม่เช่นกัน ในด้านหลังสถานี 406 สถานีเกวียนให้ห้องเพียงพอสำหรับผู้โดยสารสามคนและลำต้นขนาดใหญ่ 526 ลิตร (18.6 Cu-FT) พร้อมที่นั่งทั้งหมดในสถานที่และสูงถึง 1,741 ลิตร (61.5 cu-ft) พร้อมม้านั่งพับลง ผู้ผลิตรถยนต์เสนอทางเลือกที่กว้างขวางของเครื่องยนต์ตั้งแต่ 90 แรงม้าและ 210 แรงม้าภายใต้เครื่องดูดควัน ในฐานะที่เป็นความแปลกใหม่สำหรับรุ่น 1999 ผู้ผลิตรถยนต์แนะนำเครื่องยนต์ HDI 2.0 ลิตรใหม่ที่มีอยู่ 90, 110 และ 136 HP ตามลำดับ