รุ่นที่สามของ Audi S4 รุ่นเดบิวต์ในกลางปี 2003 และมีให้บริการแก่ประชาชนขนาดใหญ่ในสามสไตล์ร่างกาย - ซีดาน / รถเก๋งอสังหาริมทรัพย์ / เกวียนและ Cabriolet ขึ้นอยู่กับแพลตฟอร์ม Volkswagen Group B6 ของ A4 ซึ่งเป็น S4 Avant ได้รับประโยชน์จากความยาวฐานล้อเดียวกันกับ S4 Sedan และให้ความสำคัญกับการเปลี่ยนแปลงเดียวกันในแง่ของการออกแบบภายนอก: กระจังหน้ากว้าง, จดจ้องประตูล่างและกระจกที่ได้รับการแก้ไข S4 Avant รุ่นนี้ได้รับการติดตั้งเครื่องยนต์ใหม่ 344-PS 4.2 L V8 (แทนที่หน่วย 2.7L จาก 1997 S4) และมาพร้อมกับการส่งผ่านสองครั้ง: คู่มือมาตรฐาน 6 สปีดมาตรฐานและ Tiptronic 5 สปีด รุ่นนี้ถูกแทนที่ด้วย Audi S4 ที่ใช้แพลตฟอร์ม B7 ในปี 2005