Audi A3 รุ่นที่ทรงพลังยิ่งขึ้นได้รับการแนะนำในปี 1999 ภายใต้แผ่นป้ายออดี้ S3 S3 แบ่งปันแพลตฟอร์มด้วย TT เช่นเดียวกับ VW Golf, Seat Leon และ Skoda Octavia รูปแบบการปรับโฉมกลับมามีชีวิตในปี 2544 และให้ความสำคัญกับการปรับปรุงการออกแบบภายนอกรวมถึงประสิทธิภาพที่ดีขึ้น สุนทรียศาสตร์การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญที่สุดคือตัวบ่งชี้เทิร์นใหม่ที่รวมอยู่ในไฟหน้า, ปีกด้านหน้าที่ได้รับการแก้ไขและกระจุกแสงด้านหลัง ภายในการตกแต่งภายในได้รับการอัพเกรดเล็กน้อยด้วยนาฬิกาดิจิตอลและแพ็คเกจเสียงที่แตกต่างกัน เครื่องยนต์เบนซินแบบเทอร์โบชาร์จ 1.8 ลิตรได้รับการอัพเกรดด้วยเทคโนโลยีการจับเวลาวาล์วตัวแปร S3 ใหม่ได้รับประโยชน์จากการเพิ่ม 15 แรงม้า คุณสมบัติมาตรฐานที่มีอยู่ใน S3 รวมถึงไฟหน้าซีนอน HID HID, เครื่องซักผ้าไฟหน้า, ไฟตัดหมอก, ล้ออัลลอยขนาด 17 นิ้ว, ที่นั่งหนัง Recaro, การควบคุมอุณหภูมิและความชื้น, การควบคุมการฉุดอิเล็กทรอนิกส์และโปรแกรมเสถียรภาพอิเล็กทรอนิกส์ ตัวเลือกแบบสแตนด์อโลนรวมถึงระบบเสียง Bose พรีเมี่ยม, เครื่องเปลี่ยนซีดี 6 ดิสก์แบบติดตั้ง, สีโลหะ, โลหะผสมขนาด 18 นิ้วที่ใหญ่กว่า, แก้วซันรูฟ, ที่จอดรถช่วย, ที่นั่งด้านหน้าอุ่น, การควบคุมเรือสำราญและการผสมผสานหนังส่วนหนึ่งของ เบาะที่นั่ง แม้ว่าการตลาดเป็น "Quattro" S3 นั้นมาพร้อมกับระบบ Haldex ที่ออกแบบมาเพื่อปรับการฉุดขึ้นอยู่กับระดับการยึดเกาะ Audi S3 ไม่สามารถซื้อได้ในตลาดอเมริกาเหนือ